El clima de Santo Tomás es frío, moderadamente lluvioso y con amplitud térmica moderada.
La media anual de temperatura máxima y mínima (periodo 1964-1972) es 16.6°C y 2.0°C, respectivamente.
La precipitación media acumulada anual para el periodo 1964-1972 es 768.6 mm.
Promedios multianuales de temperaturas máximas y mínimas
Periodo 1964-1972
Promedios multianuales de precipitación acumulada mensual
Periodo 1964-1972